謎のメッセージに混乱する「オロチ」の科学者たち。分析の結果、そのメッセージは知的生命体から発せられたものだと判明する。「オロチ」の上層部は、この発見を公にするべきではないと判断し、すぐに機密情報とした。一方で同社は秘密裡に、最先端の火星基地「インヴィクタス」の建設を始める。メッセージの意図を明らかにするためだ。

プレイヤーは、技術者のシェーン・ニューハートとしてインヴィクタスに駐在するが、謎のシグナルについては知らされていない。基地での仕事は、自分の仕事を引き継いでくれる新しいチームを乗せてやって来る貨物船「シラノ」を無事に迎えること。

だがすぐに、奇妙で異常な事態に巻き込まれる。セキュリティシステムにより基地が封鎖され、温室は水浸し。診療所には火星の砂が入り込んでしまう。崩壊が始まったのだ。

シェーンは存在しないはずのものが見え、聞こえ始める。幻覚に幻聴――これは現実なのか？……あるいは、ゆっくりと正気を失っているのだろうか？